دانلود مقاله ISIهمگرایی و تکرارپذیری در شبیه سازی دینامیک مولکولی از دوبلکس

اختصاصی از فی دوو دانلود مقاله ISIهمگرایی و تکرارپذیری در شبیه سازی دینامیک مولکولی از دوبلکس دانلود با لینک مستقیم و پر سرعت .

موضوع فارسی:همگرایی و تکرارپذیری در شبیه سازی دینامیک مولکولی از دوبلکس 

موضوع انگلیسی :<!--StartFragment -->

Convergence and reproducibility in molecular dynamics simulations of the DNA duplex d

تعداد صفحه :18

فرمت فایل :PDF

سال انتشار :2015

زبان مقاله : انگلیسی

سابقه و هدف: ساختار و دینامیک DNA انتقادی به عملکرد آن مربوط می شود. شبیه سازی دینامیک مولکولی تقویت آزمایش با ارائه اطلاعات دقیق در مورد حرکات اتمی است. با این حال، تا به امروز شبیه سازی به اندازه کافی طولانی برای همگرایی پویایی و خواص ساختاری DNA نبوده است. مواد و روش ها: شبیه سازی دینامیک مولکولی با کهربا با استفاده از ff99SB نیروی میدانی با parmbsc0 مودی کاتیونهای فی، از جمله گروه شبیه سازی مستقل انجام، به زمانبندی دینامیک مولکولی طولانی با تخصصی موتور آنتون MD در ساختار B-DNA د (GCACGAACGAACGAACGC) انجام شد. برای ارزیابی همگرایی، زوال ارزش RMSD طور متوسط ​​بیش از فواصل زمانی طولانی تر و طولانی علاوه بر ارزیابی همگرایی پویایی از طریق واگرایی کولبک-لیبلر اصل نمودار هیستوگرام جزء طرح بررسی شد.
نتایج: این شبیه سازی دینامیک مولکولی از جمله یکی از طولانی ترین شبیه سازی از DNA در به روز منتشر شده ~ 44 میکرو ثانیه، جای تعجب نشان می دهد که ساختار و دینامیک مارپیچ DNA را، غفلت از جفت ترمینال، اساسا به طور کامل در ~ 1- همگرا 5 میکرو ثانیه زمانبندی.
نتیجهگیری: ما هم اکنون می توانید reproducibly همگرا ساختار و پویایی مارپیچ B-DNA، حذف جفت ترمینال، در مقیاس میکرو ثانیه زمان با هر دو کهربا و CHARMM C36 اسید نوکلئیک زمینه نیروی Fi است. نمایش نتایج: از گروه مستقل از شبیه سازی با شروع از شرایط مختلف اولیه، هنگامی که جمع آوری شده، مطابقت با نتایج حاصل از شبیه سازی زمانبندی طولانی بر روی موتور تخصصی آنتون MD.
عمومی قابل cance فی: با دسترسی به منابع GPU در مقیاس بزرگ و یا موتور MD تخصصی «آنتون» آن را برای انواع سیستم های مولکولی به reproducibly و قابل اعتماد همگرا مجموعه ساختاری سازه نمونه امکان پذیر است. پیشرفت های اخیر در دینامیک مولکولی: این مقاله بخشی از یک موضوع خاص تحت عنوان است.
© 2014 نویسندگان. منتشر شده توسط الزویر B.V. این یک مقاله با دسترسی آزاد تحت CC BY-NC-SA مجوز
(http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/).